黃昭順在本會期擔任經濟委員會召委至今，主持會議的強勢風格，已經多次引發風波。3月初在經濟等三委員會聯席會議上，就曾動用主席權力迅速排定自經區審查，程序爭議導致會議無法進行。另外，又於3月底試圖動用主席權力，在一天內完成三場自經區公聽會，縮短法案進入實質審查的時程，期間更曾多次限制其他委員發言，強勢主導會議，頻惹爭議。
3月6日召開的經濟、財政、內政第一次聯席委員會，黃昭順以隔週要出國為由，爭取到擔任該次會議的主席。但是，黃昭順在事前未和另一位召委林岱樺協商，且在缺乏衝擊影響評估、立委也缺乏準備下，將「自由經濟示範區」審查排定於該次會議，引起在野黨立委們強烈不滿，強烈質疑這是「程序不正義」、「根本沒有準備時間」。
會中，主席黃昭順甚至使用主席「無限制發言時間」的優勢，說明「沒有程序問題」要求大家尊重她，並切掉抗議者的麥克風，引發有兩分鐘發言限制的立委們不滿，霸佔主席台，並將現場的燈關掉以示抗議。
3月31日，黃昭順以三月學運發生前，朝野協商時就以「在3月底前要完成自經區五場公聽會」為由，於當天一口氣排定三場公聽會，並表示「熬夜加班也要把會開完」。不過，這項決議立刻引起在場的民進黨籍立委林淑芬、林岱樺等人強烈抗議，雙方發生激烈爭吵，最後經兩黨協商才達成當天先舉辦一場公聽會，其餘四場在4月14日前召開完成，再進行自經區特別條例審查的決議。
4月2日，經濟、財政、內政三委員會聯席召開自經區第二次公聽會，針對開放設立國際醫療機構，對我國醫療體制及健保體系的衝擊評估進行專案報告。林岱樺就自經區特別條例由經濟部研擬，但醫療機構屬衛生福利部管轄，未來自經區內醫療機構該由哪個單位為主管機關三次進行提問。但是，主席黃昭順以提問不符合程序為由，阻止林岱樺繼續提問，雙方發生激烈爭執。最後，黃昭順以聯席委員失控為由，並痛批林岱樺提問「凌辱官員、學者」，草草宣布公聽會結束。