5月29日（周四）是立法院本會期最後一天進行委員會，備受矚目的《自由經濟示範區特別條例》，在主席黃昭順宣布保留所有修訂版本後，已確定30日最後一次院會不會逕付二讀。至於臨時會是否會繼續審查自經區條例，則還有待朝野協商，惟黃昭順當日主持會議態度已明顯趨於和緩。
有別於28日朝野兩黨立法委員的激烈對峙，29日下午立法院經濟委員會繼續就自經區草案逐條審查時，朝野黨鞭面對面協調，終於暫時放下「議事錄鬧雙胞」、「程序正當性」等爭議，進入逐條討論及質詢的議事過程。不過，就在下午四點民進黨立委吳秉叡經登記率先進行質詢後，原本在場的國民黨委員卻陸續離場，到傍晚五點左右，執政黨僅剩主席黃昭順及另兩位委員在場。在野黨委員紛紛拿出手機，拍下空蕩蕩的國民黨團座位（如圖）。
本會期經濟委員會審查自經區草案，因草案影響層面深遠、充滿爭議，成為朝野黨團激烈攻防的戰場。國民黨召委黃昭順主持會議，多次因會議程序正當性、主席濫用議事權力等爭議，引起在野黨委員強烈不滿，杯葛會議進行，使得自經區草案審查陷入膠著。5月28日，國民黨團更公布一支名為「心無人民，立院空轉，這就是鴨霸的民進黨」的廣告，痛批在野黨杯葛自經區造成法案實質審查遙遙無期，影響台灣經濟發展。
繼28日自經區審查再次於朝野對峙下無共識散會後，29日下午，經濟委員會繼續就自經區法案審查，這也是委員會本會期最後一場會議。下午會議一開始，開會氣氛就有別於昨天劍拔弩張的對峙氣氛，加上朝野兩大黨鞭柯建銘，林鴻池現場進行協調，約下午三點四十分後，委員會重新開始運轉，主席黃昭順也一改之前強硬態度，以明顯和緩方式，承諾讓委員不限次數登記發言，不限制時間，讓立委暢所欲言。在場委員紛紛依照議事規則登記發言，對自經區法案提問，並對國發會主委管中閔進行質詢。
不過，就在議事順利運轉之後，國民黨籍立委卻紛紛離席，大約下午四點之後，會議室內一度只剩在野黨委員，就連主席黃昭順也暫時消失，由民進黨黃偉哲委員代理主席。看到國民黨委員全部不在會場，吳秉叡、柯建銘等委員表示不滿，指國民黨一直強調在野黨杯葛，結果真的可以開會時，卻一個人都不在，連主席都「落跑」，表示要再貼「尋人啟事」把主席找回來。台聯黨賴振昌，周倪安委員更直接拿出手機，拍下國民黨團座位無一人在場的畫面。
直到下午四點半，黃昭順回到會議室現場，這時，費鴻泰，廖國棟，鄭天財三位國民黨委員也才陸續進回到會場。黃昭順回來主持會議後立刻澄清「剛剛有委員說我又落跑，我要說明一下，我是去801會議室進行協商，現在我回來了，你們看到了」，更對提出質疑的委員說「你滿意了嗎」。黃昭順回到會議室後，繼續主持審查，並於最後宣布保留所有修訂版本，委員會準時在五點半結束。
截至當天會議結束，朝野在場委員人數為台聯兩位，民進黨六位，國民黨委員加主席黃昭順共三人在場。