在黃昭順上午宣布休息協商前，在野黨多位立委除針對審查會議不符程序開轟批評，也針對自經區的制度設計提出質疑，要求國發會主委管中閔答覆。立法委員李昆澤與陳其邁認為：自經區「看不到國際化、自由化的具體內容」，45%以上的條文都是「空白授權給行政機關」。甚至「自經區」整體概念，也只是把科學園區、加工出口區等換招牌，沒有實質上的進步。
蕭美琴委員也批評，現行的條文主要都放在「土地鬆綁、租稅減免」，邏輯只在考量「降低成本」，而未考量「提高產業價值」。並且質疑：「台灣對中國的貿易往來有強烈的疑慮，故在相關的配套尚未完全之前施行，只會造成更大的紛擾跟對立。」
國發會主委管中閔，對這些疑慮則回應「會認真面對不會逃避」，並說明「行政院是沿用現有法規，沒有放寬門檻的設計」，並表示委員可能有誤會：「可能是條文沒有寫清楚」。
對於「給行政部門空白授權」之說，管中閔也表示「體制上早有過案例非獨創」，由此否認「空白授權」的質疑。