「資源循環利用法草案」將「廢棄物清理法」及「資源回收再利用法」二法案合而為一，並納入5R精神（Reuse, Reduce, Recycle, Recovery, Reclamation），但行政院官方草案版本尚留有諸多爭議，環保署表示：
質詢過程
1. 「填海造陸」應另設專法
蔡錦隆立委表示，關於「填海造陸（17條）」，應該要獨立出來由專法處理。因為這不只影響到生態與海岸，還包含相關環境評估（對於海洋的衝擊、海平面上升等等）。並且認為，廢棄資源復育費（57條）應向廢棄物產生者收費，而非對清理者收取費用。
環保署署長魏國彥及廢管處處長吳天基對此則表示，第十七條只是「授權條款」，會參考成功外國先例，並會與更多專家學者討論設立「填海造陸」專法。
2. 「廢棄資源物」是廢棄物還是資源？
陳節如立委則對「廢棄資源物」的定義有意見。他認為，廢棄物就是廢棄物，資源就是資源，設立「廢棄資源物」的新定義，會使人混淆。廢棄物必須經過加工，才會成為資源，應該定義清楚。他擔憂「廢棄資源」的規定灰色地帶，會使不當廠商將廢棄物用「資源」的方式來處理。
田秋堇立委提出，中鋼在高屏溪上，有許多爐渣堆在自來水保護區，造成污染。質疑行政院草案中，在廢棄物定義為「資源」後，就能以國土再造名義通行於大部分地區，造成更大規模污染，因此不應以「資源」為名來定義廢棄物。
林淑芬立委除了提到關於「島嶼廢棄物總量管制」的概念外，也點出「目前引進外國廢棄資源的標準非常的寬鬆，若沒有將此點考慮進去，在使用物料填海造陸時將不會是安定無害的」。
對總總關於「廢棄資源物」定義的質疑，魏國彥署長則未正面回應此問題，只說「工廠生產出來的廢棄物，可以當做資源利用。」並說明：廢棄物的標準則依照《巴爾賽公約》辦理。
3. 「污染源」定義寬鬆
蕭美琴立委質疑，此整合法案的責任歸屬與部會協調中，對於廢棄物的後端處理，應該要跨部會處理。他以排泄物做為例子：豬隻的排泄物在農業上可以作為堆肥，在能源上也可以轉用為生質能源，但如今卻是河川污染的主要來源之一，環保署在法律中直接判定排泄物為「污染源」，卻沒有與能源局或工業局等平行部會協調出新的再利用的可能性，是非常可惜的行為。