1972年台大發生震驚社會的「台大哲學系事件」,在情治機關介入下,一共有13位臺大哲學系的教師失去工作,是臺灣史上真正「政治干預學術」的重大事件。台大歷史系學會配合今年四六事件70週年舉辦一系列討論白色恐怖時期政治干預校園的論壇。當時的受害者、台大哲學系教授李日章表示,台大哲學系事件的主謀、第一號劊子手就是蔣經國,大家很喜歡講蔣經國對臺灣有多少功勞,「台大哲學系事件也是他的功勞之一,大家要記住啊!」。
李日章表示,蔣經國當時為整頓台大哲學已經準備很久,他在台大教官張德溥上任前對他說「臺灣所有的學校我都可以控制,只有台大不能控制,台大自由色彩太濃,軍人沒有地位,希望你去可以打開一個局面」,張在任的時候蔣經國更召見他四十七次。當時主導迫害事件的國防部總政治作戰部主任王昇更對張德溥說「臺灣思想界的混亂,台大哲學系是根源,他是替蔣經國來收復失土的」。負責迫害師生的系主任孫智燊事後更是很興奮的到處跟人說「台大哲學系到今天才光復」。
他解釋,當時教師的聘任是由系主任一個人決定的,他知道自己要被解聘後,找了三個人來幫忙,最後都沒幫上什麼忙,倒是因此把事情真相釐清了。原本的教師聘任被否決完全是被孫智燊一個人否決掉的,可以說都是他搞的鬼,孫不聘他的理由是說他個人「安全方面有問題」,主控他和其他老師是「共匪的同路人」、「哲學系已經被赤化了」,因為這個事件,改變了他的一生。
李日章也說明,事件最為知名的後害者王曉波跟陳鼓應都是老國民黨,他們其實是受害相當小的人了,他們在黨內有很多叔叔伯伯可以照顧他們,事發後他們等於只是換一個工作。王曉波被安排去黨的大陸工作委員會,陳鼓應被安排去政大的國際關係研究所,等於其實是黨另外換一個工作崗位給你。有點像是你不乖,打你一個巴掌,但馬上又給你糖吃。但即便他們兩個人受到的影響最小,整個人生還是都被改變了。
事件發生時原本的哲學系系主任趙天儀表示,校方以學生錢永祥(現任中研院人社研究中心研究員)罵馮滬祥(曾和李敖搭擋代表新黨競選2000年正副總統,因為性侵外籍看護判刑定讞,保外就醫中)「職業學生」為由,要以「荒謬中傷同學」記他過。他表示,以前一個高中生記過都要給老師簽名,台大的學生要被記過他居然可以不知道?他一查發現錢永祥是他的導生,他因為是系主任還是主任導師,他提出異議,校方雖然承認瑕疵,卻說「已經定案,不必再議」。趙天儀後來也因為不願配合當局迫害教師與學生被撤換。
當時哲學系另一位教師林正弘表示,台大哲學事件只看單一事件不夠,我們要了解當時的時代背景,那時候政府連國民的頭髮都要管,警察直接在街上抓人剪頭髮,抓到一個台大哲學教授,教授很生氣投書報紙,結果警政署發現抓到一個大學教授,警政署長就來道歉,結果另一個哲學系的教授還投書「你做對的事為什麼要道歉」,當時的知識份子可以趨炎附勢到這種程度。
另外,像是當時歷史系的教授林瑞翰寫書,裡面說到岳飛是個跋扈的軍人,官方的中央日報說是「有所損民族節氣」,罵到他被逼迫修改,但林瑞翰只是引用前輩學者方豪的看法,方豪用的則是清代學者趙翼《二十二史劄記》的說法。而當時負責肅清學術界的王昇到處演講,批評各種主義,批評存在主義、行為主義當然還有共產主義,只有三民主義才是最好的。當時教育部甚至還想說文科的書都由國家統一來編,要編出「三民主義經濟學」、「三民主義存在哲學」等等,還好後來沒有成真。
林正弘表示,有人說蔣經國只想解聘陳鼓應跟王曉波,其他人都是孫智燊自己亂搞的。他解聘台大教師黃天成的理由最好笑,竟然就寫「此人行蹤不明眼神閃爍必有隱情」。
1993年、事發二十年後台大才組成台大哲學事件調查小組,擔任召集人的台大數學系教授楊維哲表示,他最不能接受事件的加害者孫智燊後來回台大,當時的校長陳維昭還跟他握手。「我們報告寫那麼清楚,你還可以跟他握手?」。他表示,他們當時提出的報告,甚至明確建議台大應該取消事件中配合特務機關的校長閻振興名譽教授的頭銜。
楊維哲表示,台大哲學系事件時孫智燊解聘教師跟學生的理由都很好笑,例如孫智燊把王曉波跟費正清、台獨打在一起,「任何頭腦清楚的人有辦法把王曉波跟台獨連在一起嗎?」。他認為最可惡的就是孫智燊寫楊斐華的爸爸是關在綠島的台獨份子,但楊斐華的爸爸在二二八時間之後就逃到中國。為什麼孫智燊要這樣亂寫?因為當時共匪已經不是威脅,你寫他老爸是共產黨,政府不會在乎,「孫智燊就把他變成台獨」,為了落人於罪,孫智燊什麼樣的罪名他都敢亂寫,實在令人難以想像。